[Pollenia atramentaria] Pollenia atramentaria

[Widus]

J'ai extrait l'ADN d'une patte de la bête et fait une PCR pour amplifier un bout du gène codant pour la sous-unité 1 de la cytochrome oxidase (COX1). Le fragment amplifié à ensuite été séquencé (c'est la séquence que j'ai mis dans mon message précédent) et comparé avec les séquences de COX1 disponibles (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy). On peut s'amuser à rechercher soi-même ce qui ressemble le plus à cette séquence en utilisant Blast.

[pierred]

ET c'est accessible à tout le monde ? Sans restrictions ? Gratuitement ?

[latique]

Je n'ai pas trouvé les "séquences disponibles" sur le site. Pourrais-tu donner une URL précise ?

[Widus]

ET c'est accessible à tout le monde ? Sans restrictions ? Gratuitement ?

Le séquençage du fragment PCR, je l'ai fait dans le cadre de mon activité professionnelle. Par contre, les analyses de séquences peuvent être faites par tout le monde. Les sites Blast et NCBI sont accessibles à tous.

[Widus]

Je n'ai pas trouvé les "séquences disponibles" sur le site. Pourrais-tu donner une URL précise ?

Il y a des milliers de séquences COX1 qui ont été déposées dans NCBI . Il n'y a pas un URL qui les regroupe toutes. Si tu vas sur NCBI taxonomy et que tu cherches "Pollenia atramentaria", tu verras qu'une séquence COX1 pour cette espèce a été rendue publique (cliquer sur "Nucleotide" dans le carré "Entrez Records" à droite de la fenêtre; voir ici). Il est possible via Blast de chercher les séquences qui correspondent à une séquence donnée. C'est ce que j'ai fait avec la séquence de mon fragment PCR et c'est ainsi que j'ai pu voir qu'elle correspondait à Pollenia atramentaria.

[latique]

Désolé d'insister mais le sens des sigles m'échappe ne connaissant rien dans ce domaine.
Tu dois pouvoir donner les URL successives du cheminement.
Quand je clique sur "Nucleotide" j'arrive ici : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1057715898
La séquence correspondant à Pollenia atramentaria est la suite de chiffres et lettres du paragraphe "ORIGIN" ?

Ensuite je vais sur Blast
J'ai entré ta séquence dans le premier champ. J'ai coché "Standard database".
Que choisir dans le menu déroulant ?

[Widus]

Eugène c'est tout juste ce que tu as fait. Ensuite, il suffit de cliquez sur le bouton bleu "BLAST" un peu plus bas à gauche. Tu peux aussi restreindre la recherche en entrant le nom de genre ou de famille dans la case "Organism" mais c'est facultatif. Comme tu as mis une séquence de Pollenia atramentaria tu vas tomber sur cette espèce avec une identité de 100%. Si tu rentres la séquence que j'ai mis dans mon message (c'est la séquence que j'ai obtenu de mon spécimen) et que tu utilises la même procédure, tu vas aussi tomber sur Pollenia atramentaria avec une homologie - une identité - de plus de 99%. Le 1% qui manque est dû à quelques erreurs de séquençage ou une petite variation de la séquence du gène COX1 entre individus de la même espèce.

[latique]

J'ai fait ça, en entrant Pollenia dans le champ "Organism" et j'obtiens une liste d'à peu près toutes les Pollenia dont voici le début

[inachis ax]

Intéressant de pouvoir séquencer le CO1 des bestioles dont l'ID est difficile. Tu es chercheur pour avoir accès à un séquenceur ? Je me suis déjà demandé s'il était possible pour un quidam qui collectionne ou inventorie les insectes de pouvoir faire séquencer facilement certaines bestioles. Je me suis toujours dit que si on n'a pas les bons contacts dans la recherche, ce serait compliqué, d'autant que cela a un coût. Mais ce serait utile pour des bêtes problématiques (pas rare chez les hétérocères, voire des bêtes du style Colias hyale/alfacariensis). Après, en Suisse, c'est peut-être plus accessible qu'en France.

[Ceterach]

Bonjour.
Pour moi qui a fait de la Biologie Moléculaire pendant des années (et notamment de la PCR), il manque une chose dans le sujet c'est de citer un article qui démontre que la séquence COX 1 est discriminante pour Pollenia atramentaria.