Critères phylogénétiques chez les Nymphalidae...

Je comprend mieux !! merci !
Au fait, tu faisais de la recherche dans quelle famille de lépidos ?

(PS: je t'ai envoyé un mail et un MP

)

Salut Jérôme,

j'ai besoin de tes connaissances dans le domaine

Comment on fait si une espèce d'un genre a muté son amorce du CoxI ?

Je m'entraîne dans la phylogénie et je n'arrive à aucun résultat concluants avec Jalview et Seaview (NJ, BioNJ, Pacimonie....) ! Les arbres mélangent toutes les espèces n'importe comment

merci d'avance

Salut Valentin,

j'ai fait une rapide analyse de ces bestioles en utilisant les séquences dispo ici.
D'une part, il te faut éliminer la première espèce, qui ne s'aligne pas avec les autres; en fait, cette séquence correspond à une partie plus en aval du gène CoxI

Et déjà là, avec un simple NJ tu retombes à peu près sur tes pattes (seul Spilomya crandalii ne se retrouve pas dans son groupe/genre et se retrouve dans le genre voisin Temnostoma)
Sinon, il est nécessaire d'avoir des outgroups (taxons externes en frenchy il me semble!); en général j'utilise 1-2 espèces pas trop éloignées de celles de l'étude (style genre très proches) et je rajoute 2-3 espèces plus éloignées encore (appartenant à une sous-famille voisine par ex). Ces outgroups permettent d'enraciner ton arbre, et de retrouver un arbre visuellement plus cohérent avec les outgroups à la base (racine) et ton groupe d'étude au bout des branches!
Ensuite, la séquence que tu as utilisée ne fait que 140pb (paires de bases), ce qui est assez peu pour une étude phylogénétique; il n'y a pas vraiment de règle, mais en général plus la séquence est longue, mieux c'est, en particulier si tu as beaucoup de taxons et/ou que ceux-ci sont peu différenciés!
Quant aux mutations que tu as pointées, elles ne correspondent peut-être pas à l'amorce! En effet, le séquençage fonctionne un peu au diesel, et la séquence que tu obtiens devient utilisable environ une 20aine de pb après ton amorce; avant la machine cafouille et les données sont inutilisables...
Enfin, dans le cas de séquences codantes comme ici, il est toujours intéressant de vérifier les séquences protéiques. Ca te permet de repérer le cadre de lecture de tes séquences (d'ailleurs tu peux éventuellement éliminer la première pb de tes séquences car ton cadre de lecture est décaler d'1pb!). Ca te permet également de repérer des erreurs éventuelles, car si tu as un codon stop au beau milieu de ta séquence, c'est qu'il y a un problème!! A noter qu'il te faut utiliser le code mitochondrial des invertébrés dans ton cas!!

En espérant t'avoir aidé!!
Et désolé pour le pavé

Merci beaucoup Jérôme, ça m'a vraiment aidé !!

Ne t'en fais pas pour les pavés, j'aime les explications de ce genre !

Pour la première espèce, je sais que la séquence est dégradée, mais je l'ai alignée avec le Multiple Sequence Alignment du programme Clustal (via Jalview)... le programme aurait donc fait n'importe quoi lors de l'alignement ?

Connais-tu un logiciel gratuit et complet qui me permettrai d'utiliser le code mitochondrial des invertébrés ?

Au fait, ça veut dire quoi les notations autour de ces primers (le " 5' ", le " 3' " et les "n", "y" , les "r" et parfois "w") ?

exemples:
pour le COI: HybLCO 5' TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGG GTC AAC AAA TCA TAA AGA TAT TGG 3'
pour l'arginine: ArginineF 5' TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGT nAC yGA rkC CCA rTA yAA G 3'

Primers trouvés sur le site du Nymphalidae Systematic Group (NSG) de Finlande (Université de Turku): http://nymphalidae.utu.fi/Nymphalidae/Molecular.htm

je pose trop de questions je sais mais j'adore mon futur métier

Message par **jeromebubu** » mardi 17 décembre 2013, 0:28

Ce n'est pas que la séquence est dégradée, c'est juste qu'elle correspond à une autre région du gène CoxI (qui fait environ 1500pb chez D. melanogaster par exemple^^)
De mémoire, tous les logiciels (gratuits ou payants) que j'ai utilisés s'efforcent toujours d'aligner toutes les séquences, même celles qui n'ont rien à voir avec la sauce

C'est à l'utilisateur de faire le ménage^^
Le 5' et le 3' indiquent la "polarisation" des gènes: c'est en "lisant" ton gène dans le sens 5' --> 3' que tu obtiens la bonne séquence protéique correspondante (faut tout de même trouver le cadre de lecture, mais avec 1 chance sur 3, ça va^^); dans l'autre sens tu obtiens une séquence protéique pleine de codons stop et donc sans aucun sens
les "n", "y" , "r", "w" (et les autres) sont utilisés quand tu n'es pas certain de ta base dans le cas d'une séquence de gène, ou bien quand tu as de légères variations entre les différentes bestioles de ton étude au niveau des primers. Dans ce dernier cas, tu utilises des primers dit dégénérés (= avec N Y R...) pour amplifier et séquencer toutes les bestioles de ton étude et cela malgré les variations
N = A ou T ou C ou G; Y = C ou T; R = A ou G; W = A ou T
Pour ce qui est des logiciels gratuits et efficaces, je pense n'avoir jamais rien trouvé de vraiment satisfaisant (mais ça fait un moment que je n'ai pas cherché); BIOEDIT peut-être ?
Par contre, tu as de plus en plus de sites qui te font des analyses on-line, comme phylogeny.fr que j'ai testé et qui m'a donné des résultats plutôt sympas

Merci pour ta réponse, mais je n'ai toujours pas compris ce que c'est 5' et 3' ... je ne vois pas où est la logique du sens de lecture du primer

J'ai téléchargé BioEdit et c'est plutôt pas mal ! On peut modifier le code de triplet/acides aminés... je vais pouvoir modifier pour les arthropodes ! Le code est-il le même pour tous les insectes ?

Et merci pour le site, j'essayerai !

Au fait, j'ai trouvé une technique pour établir des parentés entre genres... En fait, je crée une séquence consensus (100%) de toutes les espèces de chaque genre (car si j'ai bien pigé, chaque taxon -famille, tribu, genre...- est défini par une séquence consensus pour chaque gène -ici, Cox1 en l'occurrence-, créée à partir des séquences de toutes les espèces de l'arbre pour un taxon donné), puis j'établit des parentés entre ces séquences consensus grâce à un NJ avec bootstrap.

Cela peut avoir des avantages, car si par exemple la séquence du Cox1 d'une espèce X. x. et celles d'une espèce Y. y. sont considérées comme étant faisant partie du même genre par l'algorithme (et donc par exemple une espèce du genre X est mise chez le genre Y par alors que l'on est sûr que cette espèce fait partie du genre X et non du genre Y), on crée une séquence consensus pour chaque genre, puis on classe les séquences consensus sans se soucier de la position de chaque espèces.
De plus, si l'on décrit un nouvelle espèce et que l'on veut savoir à quel genre elle appartient, on introduit la séquence de l'espèce nouvelle dans l'arbre des séquences consensus, et on regarde de quel genre elle est le plus proche !

Qu'en penses-tu ?

5' et 3' sont par convention les numéros des carbones du désoxyribose (ou ribose) de chaque nucléotide qui permettent de se relier aux nucléotides précédent et suivant (via un phosphate lié à la base au 5') dans l'ADN (ou dans l'ARN). La polymérisation (par les ADN ou ARN polymérases) de l'ADN ne se faisant que dans le "sens 5'-3'" (ajout d'un nouveau nucléotide toujours à l'extrémité 3' de l'ADN ou ARN en formation), le début de la séquence est donc un carbone 3' et la fin un carbone 5' pour un brin d'ADN qui peut être transcrit en ARN et l'inverse pour le brin complémentaire non transcrit (qu'on peut caler au dessus ou en dessous dans les logiciels j'imagine) ou pour le brin d'ARN qui peut être traduit par les ribosomes en polypeptides ensuite, donnant après maturation les protéines.
Le brin non transcrit (début 5', fin 3') ou la séquence brute d'ARN reflète donc mieux la séquence protéique, mais il y a en général aussi des phénomènes d'excision-épissage de l'ARN qui font que la séquence protéique ne reflète en fait que des fragments recollés de la séquence d'ADN non transcrit.

Enfin voilà, si je ne me trompe pas, un vague souvenir de biochimie de prépa.

C'est un peu complexe si on n'a pas trop de notions de génétiques.

Sinon, pas mal ce que tu fais. Je trouve la phylogénie intéressante, mais n'ai pas le temps de l'étudier (ne faisant pas trop partie de mes études actuelles, mais j'ai quelques bases).

Nickel Axel, sympas tes bases

Pour l'intérêt des 5' et 3', prenons la séquence factice 5'-b-o-n-j-o-u-r-3':
- dans le sens 5' --> 3', ça donne "bonjour", ce qui veut normalement dire quelque-chose
- dans le sens 3' --> 5', ça donne "ruojnob", ce qui ne veut pas dire quelque-chose, enfin je pense pas

Ce sens de lecture est primordial car c'est celui qu'utilise l'ARN polymerase, l'enzyme qui transcrit ta séquence codante d'ADN en ARN qui sera à terme traduit en séquence peptidique fonctionnelle!
Pour ce qui est de l'utilisation des séquences consensus, ça ne marche pas comme ça, elles ne s'utilisent pas dans des analyses, ça serait en quelque sorte "tricher"! En fait dans la nature, pour un individu donné, tu n'as pas de base "Y" par exemple, c'est soit "C" soit "T".
Dans les analyses courantes, tu utilises de vraies séquences issues d'individus réels. Dans tes données, tu n'as donc que des A T C et G ... en théorie! En pratique, tes données ne sont pas parfaites, et du coup tu peux avoir des Y, mais ils correspondent à des données imprécises et ne sont pas réels.
Enfin, si a l'issu d'une analyse phylo, un (ou plusieurs) individu ne se retrouve pas dans son "bon" groupe, il y a forcément 1 (ou plusieurs) raison, parmi lesquelles le simple fait que ... son "bon" groupe n'a jamais été celui que l'on pensait

Il faut faire très attention aux a priori, mieux vaut avoir des soupçons

inachis ax a écrit :ne faisant pas trop partie de mes études actuelles, mais j'ai quelques bases.

Puriques ou pyrimidiques, les bases ?

Merci beaucoup Jérôme et Axel !
Par contre, pourquoi on ne lit pas tout simplement la séquence de gauche à droite au lieu de se casser la tête ?

Pour les consensus, je pense que t'as pas compris ce que je veux dire... en gros ça ressemble à ça: " AT---TACATA---------C----TAGAGA------CACA--- " (désolé pour les assemblages de lettres de mauvais goût

). Les tirets représentent une différence de nucléotide entre les séquences, et la présence d'une lettre signifie qu'elle ont toute cette lettre en commun sur ce site.

@ Jean Alain: Les bases sont plurimidiques.

Et à toi il doit te manquer quelques paires de bases quelque part

(je plaisante bien sûr, je ne pense en aucun cas cela

)

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