Critères phylogénétiques chez les Nymphalidae...

L'amplification, c'est une multiplication de la séquence, pour qu'elle soit majoritaire au reste de séquence qui ne nous intéresse pas ?
Le cytochrome oxydase I (CoxI) code pour quelle protéine ?

(au fait, dommage que tu ne m'ai pas pris au sérieux, sur Facebook

)

Message par **jeromebubu** » lundi 18 février 2013, 14:08

Valentin073 a écrit :L'amplification, c'est une multiplication de la séquence, pour qu'elle soit majoritaire au reste de séquence qui ne nous intéresse pas ?
Le cytochrome oxydase I (CoxI) code pour quelle protéine ?

Tout à fait, l'amplification se faisant de manière exponentielle, on se retrouve très rapidement avec la séquence d'intérêt laaaaaargement majoritaire par rapport aux séquences "parasites", à condition que les amorces aient bien définies au départ (= spécifiques)

Le gène CoxI code pour la première sous-unité de la cytochrome oxydase

La cytochrome oxydase est une protéine impliquée dans le transport des électrons, lors du processus de respiration cellulaire (dont le siège se trouve dans les mitochondries).

Valentin073 a écrit :(au fait, dommage que tu ne m'ai pas pris au sérieux, sur Facebook )

Je ne vois pas trop de quoi tu veux parler, mais à la base, c'est Face de Bouc que je ne prend pas au sérieux; je n'y suis plus allé depuis 2-3 ans d'ailleurs

jeromebubu a écrit :Tout à fait, l'amplification se faisant de manière exponentielle, on se retrouve très rapidement avec la séquence d'intérêt laaaaaargement majoritaire par rapport aux séquences "parasites", à condition que les amorces aient bien définies au départ (= spécifiques)
Le gène CoxI code pour la première sous-unité de la cytochrome oxydase

Tu as parlé du gène CoxI qui évolue moins vite, mais il existe des gènes qui évoluent vite et qui permettent ainsi de déterminer les sous-espèces ?

Valentin073 a écrit :(au fait, dommage que tu ne m'ai pas pris au sérieux, sur Facebook )

jeromebubu a écrit :Je ne vois pas trop de quoi tu veux parler, mais à la base, c'est Face de Bouc que je ne prend pas au sérieux; je n'y suis plus allé depuis 2-3 ans d'ailleurs

Pour l'histoire de face de bouc, je t'explisuqe par MP... étrange histoire

Message par **jeromebubu** » lundi 18 février 2013, 15:01

Valentin073 a écrit :Tu as parlé du gène CoxI qui évolue moins vite, mais il existe des gènes qui évoluent vite et qui permettent ainsi de déterminer les sous-espèces ?

Non, le gène CoxI évolue relativement vite au contraire, c'est pour cela qu'on l'utilise en phylogénie d'ailleurs

Ce que je voulais dire, c'est que ce sont des portions de gènes qui évoluent moins vite que d'autres; on utilise alors ces portions pour déterminer les amorces.
En fait, le plus souvent, on connait la séquence exacte d'un gène pour une ou quelques espèces du groupe que l'on étudie, mais pas pour toutes les espèces (par exemple si on travaille sur le genre Papilio). Donc pour pouvoir définir des amorces pour des espèces dont on ne connait rien, on utilise ces petites portions qui évoluent moins vite, en se disant "Si ça marche pour ces quelques espèces de Papilio, ça devrait marcher pour les autres

" Et très souvent, faut bien avouer que ça marche (ouf^^)
Parmi les zones qui évoluent un peu moins vite, le cas classique (mais pas forcément utilisé pour créer des amorces) est la zone codant pour le site actif des enzymes, par exemple le site au niveau duquel le substrat se fixera pour être transformé par l'enzyme.

Ah d'accord

effectivement il y a un truc qui m'a échappé

Et l'orsqu'on on étudie l'évolution d'un gène en particulier (pour reconstruire un arbre), si on étudie parallèlement l'évolution d'un autre gène pour le taxon étudié (supra-spécifique), on peut aboutir à deux arbres différents ou généralement on aboutit aux mêmes résultats ?

Bon, j'en sais trop sur le séquençage, tu vas devoir me tuer

(PS: Je t'ai envoyé un MP)

Message par **jeromebubu** » lundi 18 février 2013, 16:00

Valentin073 a écrit : Et lorsqu’on on étudie l'évolution d'un gène en particulier (pour reconstruire un arbre), si on étudie parallèlement l'évolution d'un autre gène pour le taxon étudié (supra-spécifique), on peut aboutir à deux arbres différents ou généralement on aboutit aux mêmes résultats ?

Excellente question, le genre qui peut tuer

Ben en gros, ça dépend...
L'idéal serait bien sûr que les arbres soient les mêmes, mais c'est pas toujours le cas "malheureusement"

Ils sont généralement assez similaires, mais il y a très souvent de petites différences avec lesquelles il faut "s'arranger"; souvent le chercheur a une (petite) préférence pour l'un des arbres qu'il essaie de défendre dans la discussion de son article.
Pour limiter ces désagréments, il est utile de choisir judicieusement les gènes: si on étudie un groupe qui s'est diversifié récemment, il vaut mieux travailler avec des gènes qui évoluent vite et qui accumulent donc plus de différences

Il y a également des indices statistiques (bootstrap par exemple) qui décrivent la solidité des différents groupes dans l'arbre; plus ces indices sont élevés, plus les groupes qu'ils définissent ont de chances d'être réels...

Ce sont les principes de la phénétique !

Avec des calculs ultra-compliqués qui ont trop la classe et que j'y comprend rien du tout mais que j'aimerai comprendre

http://genet.univ-tours.fr/phylogenie/Phylo2.pdf

Jérôme, peux-tu m'expliquer qu'est-ce que c'est qu'un consensus (strict, etc.) ? Je ne comprend pas

EDIT: s'il te plait

Valentin073 a écrit :
Jérôme, peux-tu m'expliquer qu'est-ce que c'est qu'un consensus (strict, etc.) ? Je ne comprend pas
EDIT: s'il te plait

Quand on fait une analyse phylo, on obtient un très grand nombre d'arbres (toutes ces analyses étant basées sur les stats, il nous faut beaucoup d'arbres pour bosser). Au sein de chacun de ces arbres, il y aura des groupements qui seront présents et identiques dans tous les arbres (mêmes taxa, même agencement de ces taxa), d'autres qui seront + ou - fréquents, et d'autres qui n’apparaîtront que très rarement.
Le consensus strict ne te présentera QUE les groupements qui sont présents et identiques dans tous les arbres.
Le semi-strict (ou majoritaire, ou majority rule) consensus te présentera quant à lui les groupements qui sont présents et identiques dans au moins 50% des arbres obtenus.
Ces deux types d'arbres sont plus descriptifs qu'autre-chose, ils ne reflètent que la topologie de l'arbre, ce qui n'est pas assez...
Il faut faire des analyses plus pointues (et lonnnngues) pour obtenir des indices de robustesse pour chacun des noeuds (= bifurcations) de l'arbre; ce sont ces indices qui vont te permettre de dire si oui ou non tel ou tel groupement est "réel"

Le Monde des insectes