[Tapinoma erraticum F(e)] Tapinoma erraticum

[Widus]

Bonsoir,
Une colonie de Tapinoma passe l'hiver dans un pot de cactus que nous avons rentré aux premiers frimas cet automne. Pas facile d'identifier les Tapinoma cependant. Basé sur cette clé, on se dirigerait vers T. erraticum et effectivement ceci est confirmé par le barcoding que j'ai effectué sur un individu. La séquence COX1 de mon spécimen est à 98% identique à deux séquences de référence de T. erraticum. Ces séquences, ainsi que les autres utilisées pour établir l'arbre phylogénétique, proviennent de cet article (à part les séquences de T. melanocephalum et T. sessile que j'ai prises sur NCBI taxonomy).
Christian


Christian Widmann : Suisse : Lausanne : 1010 : 14/12/2021
Altitude : 632 m - Taille : 3.7 mm
Réf. : 295947
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COX1 partial sequence

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[Onmal]

Wow, merci pour le sujet!
Question de novice: à partir de quel pourcentage de similarité peut ont affirmer le nom d'une espèce?

[Widus]

C'est difficile de donner un chiffre précis qui vaille pour tous les genres. Généralement, une identité de >95% se retrouve chez les individus d'une même espèce. Il peut y avoir des identités de >95% entre plusieurs espèces proches cependant. Par exemple, pour le genre Sarcophaga, je ne suis pas sûr qu'on puisse séparer génétiquement toutes les espèces (alors qu'on peut les distinguer si on observe les genitalia). J'ai récolté une Sarcophaga jeanleclercqi (identifiée par ses genitalia, voir ici) dont j'ai obtenu la séquence COX1. Quand je la rentre dans BoldSystems pour chercher l'espèce qui corresponde, je trouve bien 3 séquences de S. jeanleclercqui à 100% identique avec mon spécimen, mais également 4 autres à 99.85%. Le problème est qu'il y a 2 séquences de S. carnaria et une de S. variegata qui ont aussi une identité à 99.85% avec la séquence de mon spécimen. Les espèces du genre Sarcophaga ont donc des séquences COX1 très proches les unes des autres. Cela montre que le séquençage de COX1 seul ne peut pas permettre une identification certaine dans tous les cas (mais ça aide bigrement généralement).

[Onmal]

Merci pour toutes ces précisions! Ca rejoint une discussion que j'ai eu avec Chris et sa conclusion était la même: un outil puissant, mais pas absolu