Critères phylogénétiques chez les Nymphalidae...

[Valentin073]

Je vous en dirai des nouvelles, j'ouvre mes paquets cadeaux mercredi
Oui Jérôme je veux bien que tu m'envoie ces articles, mais par mail (tu l'as normalement) si possible ?

[jeromebubu]

C'est parti

[Valentin073]

Merci !!

[Valentin073]

J'ai le livre !! Des scans d'exemple seront envoyés ultérieurement
En tout cas il est super, et il y a plein de formules mathématiques de partout !

[Valentin073]

Salut Jérôme (et les autres) !

Qu'est-ce qu'un gap ? d'après ce que j'ai compris c'est une coupure dans une séquence pour décaler le reste de la séquence pour l'alignement final (en cas d'indels (insertion-délétions))

Vous connaissez l'algorithme de Needleman et Wunsch pour l'alignement entre deux séquences ? Dans le bouquin ils parlent du calcul de S(i,j) avec S(i-1,j), S(i,j-1) et S(i-1,j-1)... et d'une fonction de score (déjà, quelqu'un peut-il m'expliquer ce que ce terme signifie ?).
Cette fonction de score est composée de trois paramètres:
(avec ai le résidu d'une séquence A de rang i et bj le résidu d'une séquence B de rang j...)
=> d(ai,bj) = le score associé à l'alignement du résidu ai avec le résidu bj
=> d(-,bj) et d(ai,-) = les pénalités associées à l'introduction d'un gap dans la séquence A ou B. Que signifie les tirets que j'ai coloré en marron dans les parenthèses ?

Ensuite, quelles sont les formules permettant de calculer les trois paramètres de la fonction de score ainsi que les formules S(i-1,j), S(i,j-1) et S(i-1,j-1) ? Quelles valeurs doit-on donner aux pénalités ?
Et pour initialiser la matrice, quelles valeurs doit-on donner à S(i,j) pour l'alignement [a0 et bj] et [ai et b0] ?

J'avoue que je suis un peu perdu... je peux envoyer des scans du livre par mail si besoin
Merci d'avance

[jeromebubu]

...
Qu'est-ce qu'un gap ? d'après ce que j'ai compris c'est une coupure dans une séquence pour décaler le reste de la séquence pour l'alignement final (en cas d'indels (insertion-délétions))

C'est tout à fait ça
S'il s'agit de séquences nucléotidiques codantes, ces indels/gaps sont des multiples de 3 (nucléotides), histoire que les séquences peptidiques correspondantes soient alignables elles-aussi. Par contre, aucune loi s'il s'agit de séquences non codantes

algorithme de Needleman et Wunsch pour l'alignement entre deux séquences

Désolé, jamais entendu parler Perso, je fais toujours mes alignements manuellement, sans avoir recours à quelque algorithme que ce soit!

[Valentin073]

Merci pour ta réponse

Tu veux un scan des pages du bouquin ?

[Valentin073]

J'ai une question... dans le livre j'en suis à un chapitre portant sur les arbres phylogénétiques. Ils disent que si un arbre non raciné possède n feuilles, ce même arbre possède n-2 noeuds internes et n-3 branches internes; et par conséquent 2n-3 branches au total. Bon ça ok j'ai compris.

Mais ils disent la chose suivante:

Chaque branche définit une bipartition de l'ensemble des feuilles, c'est à dire deux sous-ensembles disjoints dont l'union correspond à l'ensemble de toutes les feuilles. Les n branches périphériques définissent n bipartitions triviales (une feuille contre les n-1 autres). En revanche, l'ensemble des branches internes et leurs bipartitions associées sont spécifiques de l'arbre qui les portent et déffinissent sa forme. Reconstruire une phylogénie non racinée revient donc à déterminer l'ensemble de ces n-3 bipartitions. Si n=2, il existe existe un arbre non raciné unique et un arbre raciné unique. Si n=3, il existe un arbre non raciné unique et trois arbres racinés possibles.

Mais c'est quoi cette histoire de bipartitions ?

[jeromebubu]

...
Mais c'est quoi cette histoire de bipartitions ?

Je pense que que ce sont les divisions au niveau des noeuds: après chaque noeud, ton groupe est divisé en 2 (bi) sous-groupes (partitions). Mais ça, c'est dans le meilleur des mondes...

[Gyp']

... ce sont les divisions au niveau des noeuds...

T'ain : ça doit faire mal ...

Meilleurs nœuds ....