Sur l'INPN je trouve : Pagana dimorpha (Dollfus, 1895), Trachelipodidae.
Pour le sexe j'ai un doute mais je pense que c'est bien un adulte.
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[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
Animateur : noelouigre1
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
- entonantes44
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Cloporte de l'hémisphère sud
Pour l'instant oui, mais si le séquençage continue à se généraliser, on pourra peut être revenir sur ce poste et réanalyser le résultat en comparant avec des banques plus à jour pour les isopodes. L'idéal serait d'avoir les deux (séquences+caractères). Mais on a rarement les séquences.noelouigre1 a écrit : L'idéal serait de compléter par la dissection d'un mâle, ce qui nous en apprendra plus que les séquençages
D'ailleurs Benjamin tu penses que tu pourrais l'inclure? Si cela ne pose pas de problème? Si la séquence est assez propre?
Brendan
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
Oui tu as raison. La séquence n'était vraiment pas exploitable dans l'état mais je vais essayer de la repasser dans les jours qui viennent pour améliorer ça et vous la communiquer si c'est mieux.
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
Et voici la séquence (tout de suite ça marche bcp mieux avec les amorces à la bonne concentration...) :
1er résultat en Blast ?
Select seq gb|KU530527.1| Idotea urotoma voucher NRM-CGI-000124 cytochrome oxidase subunit 1 (CO1) gene, partial cds; mitochondrial query cover: 96% evalue:1e-167 ident:84%
Donc je confirme que les banques NCBI sont encore très très pauvres en isopodes... c'est même bizarre à ce point.
PS : pour info j'ai aussi repassé la séquence du Porcellio sp. blanc, mais je n'ai pas fait de nouveau message, juste édité.
Select seq gb|KU530527.1| Idotea urotoma voucher NRM-CGI-000124 cytochrome oxidase subunit 1 (CO1) gene, partial cds; mitochondrial query cover: 96% evalue:1e-167 ident:84%
Donc je confirme que les banques NCBI sont encore très très pauvres en isopodes... c'est même bizarre à ce point.
PS : pour info j'ai aussi repassé la séquence du Porcellio sp. blanc, mais je n'ai pas fait de nouveau message, juste édité.
- entonantes44
- Membre confirmé
- Enregistré le : dimanche 20 juillet 2014, 21:10
- Localisation : Gironde / Charente Maritime
[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
De quoi te plains-tu au moins c'est un Isopode
Super d'avoir mis les séquences!!!! Je regarde dès que j'ai un peu de temps! J'ai hâte de m'amuser un peu avec pour voir!
Super d'avoir mis les séquences!!!! Je regarde dès que j'ai un peu de temps! J'ai hâte de m'amuser un peu avec pour voir!
Brendan
-
- Animateur
- Enregistré le : lundi 14 avril 2008, 11:23
- Localisation : St Martin de Connée-53
[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
Bonjour,
Le séquençage reste toujours un peu énigmatique pour moi
Le labo de Poitiers disposant de très nombreuses espèces, ne disposes-tu pas déjà du référentiel ?
Vous avez sous la main la plupart des familles et des genres (au moins pour les grosses espèces) donc j'imagine que ce ne doit pas être très compliqué ? (ou bien je me trompe complètement... ?)
Le séquençage reste toujours un peu énigmatique pour moi
Le labo de Poitiers disposant de très nombreuses espèces, ne disposes-tu pas déjà du référentiel ?
Vous avez sous la main la plupart des familles et des genres (au moins pour les grosses espèces) donc j'imagine que ce ne doit pas être très compliqué ? (ou bien je me trompe complètement... ?)
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Pagana dimorpha] Cloporte de l'hémisphère sud
Bonjour,
Sur le principe tu as bien compris, il suffirait que je fasse l'amplification du même fragment sur plein d'espèces pour me faire mon référentiel. J'espérais ne pas avoir à faire ça en utilisant les banques NCBI déjà disponibles. Mais le résultat est bizarre et j'ai du mal à le comprendre. C'est comme si on amplifiait pas le même fragment dugène ... il faudrait creuser l'histoire mais ça demande un investissement en temps et potentiellement en argent s'il faut des manips supplémentaires.
Mais je sais par ailleurs qu'unephylogénie moléculaire des cloportes est en cours de préparation bien que je ne sois pas impliqué dans ce projet, patience donc ^^
Voilà pour les quelques éclaircissements.
Sur le principe tu as bien compris, il suffirait que je fasse l'amplification du même fragment sur plein d'espèces pour me faire mon référentiel. J'espérais ne pas avoir à faire ça en utilisant les banques NCBI déjà disponibles. Mais le résultat est bizarre et j'ai du mal à le comprendre. C'est comme si on amplifiait pas le même fragment du
Mais je sais par ailleurs qu'une
Voilà pour les quelques éclaircissements.