Stage : Génétique des populations de deux papillons des zones humides du massif du Jura

[Otopteryx-volitans]

Sujet de stage de Master 2 ou césure
Janvier-Juillet 2019

Laboratoire d’Ecologie Alpine (LECA)
Intitulé de l'équipe : DivAdapt

Nom et qualité du responsable du stage : Laurence Després, PR HDR oui X non ☐
Adresse : LECA, 2233 rue de la piscine, domaine universitaire de St Martin d’Hères, Grenoble
Tél : 0476635699 email : laurence.despres@univ-grenoble-alpes.fr

Titre du sujet : Génétique des populations de deux papillons des zones humides du massif du Jura
Objectifs recherchés:
L’objectif est d’analyser la distribution de la diversité génétique de deux espèces de papillons menacés d’extinction, le Mélibée (Coenonympha hero) et le fadet des tourbières (Coenonympha tullia) en lien avec la structure du paysage, afin d’inférer les tailles de population et la connectivité entre les différentes zones d’habitat favorables (zones humides).

Résumé:
L’échantillonnage a été effectué en été 2018 pour une vingtaine de sites (5 individus par site et par espèce). Les données génétiques (ddRADseq) seront générées au LECA avant le stage. Pour chaque espèce, la matrice des génotypes sera analysée (diversité intra et inter-population, analyse de structure des populations, inférence des tailles de population, estimation des flux de gènes inter-populations) et corrélée à la matrice des distances géographiques. Une carte de résistance sera élaborée en comparant distances génétiques et distances paysagères (couches SIG- utilisation des sols : réseau routier, urbanisation, réseau hydraulique, couvert végétal, variables topographiques et climatiques) disponibles pour les trois départements concernés (Jura, Doubs et Haute-Saône), afin d’identifier les éléments paysagers qui constituent des barrières à la dispersion, et ceux qui la favorisent (trame verte et bleue). L’objectif final est de fournir aux gestionnaires des éléments pour orienter leurs actions de préservation et de gestion.

Approches & matériel utilisés:
Analyse des données génétiques : diversité intra et inter-population. Analyse de structure des populations (AMOVA ; Structure); tests d’assignation et identification des flux de gènes entre populations. Inférences démographiques. Analyse paysagère : extractions de données SIG, analyses multivariées, régressions multiples. Cartographie.

Publications pertinentes de l'équipe:
- Sherpa S, Rioux D, Pougnet-Lagarde C, Després L. Genetic diversity and distribution differ between long-established and recently introduced populations in the invasive mosquito Aedes albopictus. Infection, Genetics and Evolution. 2018;58:145-156.
- Gallou A, Baillet Y, Ficetola GF, Després L. Elevational gradient and human effects on butterfly species richness in the French Alps. Ecology and Evolution. 2017;7(11):3672-81.
- Capblancq T, Despres L, Rioux D, Mavarez J. Hybridization promotes speciation in Coenonympha butterflies. Molecular Ecology. 2015;24(24):6209-22.
Domaines de compétences souhaités: Génétique des populations, SIG, Statistiques.