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[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Animateur : noelouigre1
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Salut !
De retour de vacances dans les montagnes, je vous propose quelques cloporto-trouvailles. Pour commencer, un gros cloporte blanc (d'où la photo prise en deux fois) qui me rappelle furieusement celui vu récemment : viewtopic.php?f=45&t=155282. Trouvée sous une pierre, c'est une femelle. Je n'ai pas encore essayé de pousser l'identification plus loin que Porcellio mais ça viendra.
Benjamin Herran : Espagne : Alquézar : 22112 : 21/07/2016
Altitude : NR - Taille : 20 mm
Réf. : 167559
De retour de vacances dans les montagnes, je vous propose quelques cloporto-trouvailles. Pour commencer, un gros cloporte blanc (d'où la photo prise en deux fois) qui me rappelle furieusement celui vu récemment : viewtopic.php?f=45&t=155282. Trouvée sous une pierre, c'est une femelle. Je n'ai pas encore essayé de pousser l'identification plus loin que Porcellio mais ça viendra.
Benjamin Herran : Espagne : Alquézar : 22112 : 21/07/2016
Altitude : NR - Taille : 20 mm
Réf. : 167559
Modifié en dernier par DrPorcellion le vendredi 22 juillet 2016, 20:48, modifié 1 fois.
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- entonantes44
- Membre confirmé
- Enregistré le : dimanche 20 juillet 2014, 21:10
- Localisation : Gironde / Charente Maritime
Gros cloporte espagnol
Belle bête! Dommage que ce soit une femelle mais on verra. Tu as réussi à te procurer la Thèse de Cruz finalement?
Il a de petites moustaches?
Il a de petites moustaches?
Brendan
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
Gros cloporte espagnol
Je ne connais pas cette thèse (elle a été mentionnée par Alain Bertrand à ce que je vois). C'est quoi son titre ?
- entonantes44
- Membre confirmé
- Enregistré le : dimanche 20 juillet 2014, 21:10
- Localisation : Gironde / Charente Maritime
Gros cloporte espagnol
Je croyais t'avoir envoyé ce titre par MP? Je vais regarder.
Brendan
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
Gros cloporte espagnol
Ah oui ! Au temps pour moi, j'avais oublié.
Je rappelle donc le titre : CRUZ A. 1990. Contribución al conocimiento de los Isópodos terrestres (Oniscidea) de la Península Ibérica y Baleares. Memoria redactada para optar al grado de Doctor en Ciencias Biológicas por el Licenciado. Departament de biologia animal (Zoologia), Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona.
Je la chercherai prochainement !
Je rappelle donc le titre : CRUZ A. 1990. Contribución al conocimiento de los Isópodos terrestres (Oniscidea) de la Península Ibérica y Baleares. Memoria redactada para optar al grado de Doctor en Ciencias Biológicas por el Licenciado. Departament de biologia animal (Zoologia), Facultat de Biologia, Universitat de Barcelona.
Je la chercherai prochainement !
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- Animateur
- Enregistré le : lundi 14 avril 2008, 11:23
- Localisation : St Martin de Connée-53
Gros cloporte espagnol
Je pense que si tu la trouves il y aura plusieurs volontaires pour en avoir une copie
La diffusion a été extrêmement limitée et à part S. Taiti, Lluc Garcia et H. Dalens, je ne connais personne d'autre à la posséder. L'auteure a refusé sa duplication...
La diffusion a été extrêmement limitée et à part S. Taiti, Lluc Garcia et H. Dalens, je ne connais personne d'autre à la posséder. L'auteure a refusé sa duplication...
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Voilà la séquence de la COI (il a suffi d'un prélèvement d'une patte) :
Un petit blast nous indique :
Porcellio spinicornis voucher BIOUG<CAN>:MaPor000 cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial // Max-score:449 // Total-score:449 // Query-cover:100% // E-value:2e-122 // Ident:86% // n°:DQ889123.1
Analyse à pousser à l'occasion car la banque NCBI n'est pas du tout complète.
Edit:
Nouvelle séquence de la COI plus complète :
Le Blast sort encore le spinicornis ... car je crois que c'est le seul Porcellio de leur banque !!
Porcellio spinicornis voucher BIOUG<CAN>:MaPor000 cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial // Max-score:449 // Total-score:449 // Query-cover:100% // E-value:2e-122 // Ident:86% // n°:DQ889123.1
Analyse à pousser à l'occasion car la banque NCBI n'est pas du tout complète.
Edit:
Nouvelle séquence de la COI plus complète :
Modifié en dernier par DrPorcellion le mercredi 7 décembre 2016, 16:03, modifié 1 fois.
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- Animateur
- Enregistré le : lundi 14 avril 2008, 11:23
- Localisation : St Martin de Connée-53
[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Salut,
Je ne pense pas que ce soit cette espèce, le lobe frontal est triangulaire, les lobes latéraux trop développés, etc.
Je ne comprends pas tout aux analyses génet Si je comprends bien la séquence est identique à 86% aux refs dispos pour P. spinicornis, c'est cela ??
Je ne pense pas que ce soit cette espèce, le lobe frontal est triangulaire, les lobes latéraux trop développés, etc.
Je ne comprends pas tout aux analyses génet Si je comprends bien la séquence est identique à 86% aux refs dispos pour P. spinicornis, c'est cela ??
- entonantes44
- Membre confirmé
- Enregistré le : dimanche 20 juillet 2014, 21:10
- Localisation : Gironde / Charente Maritime
[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Super d'avoir la séquence, c'est grave la classe!
Tu vas pouvoir nous faire des sujets de dingue, avec le spécimen in natura, de beaux petits clichés sous bino, le Per7 et le séquençage...
Une fois qu'il y eu séquençage, tu interroges labase de données qui cherche ce qu'il a de plus proche. L'efficacité du résultat va dépendre de la qualité du séquençage mais aussi de l'exhaustivité de la base (NCBI). C'est ce que Benjamn disait lorsqu'il disait que NCBI n'était pas du tout complète (pour les isopodes), je ne sais pas qu'elles sont les espèces présentes?
En gros, Benjamin a du, je suppose, extraire les ARN (instables) de son cloporte, les rétrotranscrire en ADN (stables). Ensuite grâce à des amorces spécifiques il va pouvoir amplifier et isoler spécifiquement un ADN qui correspond généralement à une séquence codant pour une protéine fixée au préalable. Puis cette séquence est envoyée au séquençage où grâce à une machine dédiée et un logiciel de reconstruction il obtient un résultat final : voici la séquence putative du morceau degène recherché. Il existe ensuite des bases de données énormes (type NCBI) qui permettent de faire une recherche (BLAST) parmi toutes les séquences déposées en accès libre par les labos du monde entier (ou presque). On peut donc voir si cette séquence se rapproche d'une autre.
Après 86% cela veut un peut tout et rien dire dans l'absolu. 86% d'homologie cela dépend de ce qui est comparé. Car toutes les séquences ne varient pas au même rythme dans les génomes. Par exemple si je regarde Rad51 qui répare l'ADN des cellules (donc très importante) les séquences sont identiques chez presque tous les mammifères et il y 86% d'homologie pour (legène de) cette protéine entre l'homme et un poisson, un oursin ou un crabe. Pa contre, si on regarde un gène moins essentiel comme celui qui permet de faire une gouttière linguale chez l'homme à mon avis il n'y a pas 86% d'homologie avec une souris.
En l’occurrence legène c'est COI cytochrome oxydase unit (un morceau cf "partial cds"), il ne doit pas varier tant que ça si?
Benjamin me reprendra si j'ai dis une erreur où fais une approximation. J'espère que cela aide à comprendre un peu mieux. Éventuellement si tu as le temps se serait top de nous faire un petit sujet avec juste le nom des principales espèces pour lesquelles on possède déjà une séquence. Dans le labo vous faîtes tout le temps cegène ? Pour vos espèces de réf aussi je suppose?
Tu vas pouvoir nous faire des sujets de dingue, avec le spécimen in natura, de beaux petits clichés sous bino, le Per7 et le séquençage...
C'est bien ça pour les 86%, mais je ne pense pas que Benjamin suggère que ce soit un P.spinicornis.noelouigre1 a écrit :Je ne pense pas que ce soit cette espèce, le lobe frontal est triangulaire, les lobes latéraux trop développés, etc.
Je ne comprends pas tout aux analyses génet Si je comprends bien la séquence est identique à 86% aux refs dispos pour P. spinicornis, c'est cela ??
Une fois qu'il y eu séquençage, tu interroges la
En gros, Benjamin a du, je suppose, extraire les ARN (instables) de son cloporte, les rétrotranscrire en ADN (stables). Ensuite grâce à des amorces spécifiques il va pouvoir amplifier et isoler spécifiquement un ADN qui correspond généralement à une séquence codant pour une protéine fixée au préalable. Puis cette séquence est envoyée au séquençage où grâce à une machine dédiée et un logiciel de reconstruction il obtient un résultat final : voici la séquence putative du morceau de
Après 86% cela veut un peut tout et rien dire dans l'absolu. 86% d'homologie cela dépend de ce qui est comparé. Car toutes les séquences ne varient pas au même rythme dans les génomes. Par exemple si je regarde Rad51 qui répare l'ADN des cellules (donc très importante) les séquences sont identiques chez presque tous les mammifères et il y 86% d'homologie pour (le
En l’occurrence le
Benjamin me reprendra si j'ai dis une erreur où fais une approximation. J'espère que cela aide à comprendre un peu mieux. Éventuellement si tu as le temps se serait top de nous faire un petit sujet avec juste le nom des principales espèces pour lesquelles on possède déjà une séquence. Dans le labo vous faîtes tout le temps ce
Brendan
- DrPorcellion
- Membre
- Enregistré le : vendredi 18 septembre 2015, 12:57
- Localisation : Nantes
[Porcellio sp.] Gros cloporte espagnol
Merci beaucoup pour les explications : c'est un sans faute !
Je n'ai pas poussé beaucoup l'analyse mais je suis surpris qu'il n'y ait pas plus de Porcellio qui sortent dans ce 1er blast. Sur les banques, pour ce genre et pour le marqueur COI, on trouve : scaber, laevis, dilatatus, baidensis, hyblaeus, imbutus, spinicornis et siculoccidentalis (pour les curieux il suffit de taper "Isopoda COI" dans http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore). Le problème est qu'avec un degré de similarité à peine plus faible, on trouve ensuite dans la recherche du Trachelipus et même de l'Idotea, ce qui est fort surprenant !
Tout ça pour dire que le marqueur (COI), a fortiori partiel, n'est pas toujours suffisant. A la limite la conclusion la plus vraisemblable est que mon Porcellio n'est aucun de ceux cités ci-dessus, et nous voilà bien avancés
Il y a un autre marqueur souvent utilisé c'est le 16S (et aussi le 18S). Le mieux reste de combiner les marqueurs et une bonne façon de faire ça c'est les nouvelles méthodes de séquençage massif.
Je n'ai pas poussé beaucoup l'analyse mais je suis surpris qu'il n'y ait pas plus de Porcellio qui sortent dans ce 1er blast. Sur les banques, pour ce genre et pour le marqueur COI, on trouve : scaber, laevis, dilatatus, baidensis, hyblaeus, imbutus, spinicornis et siculoccidentalis (pour les curieux il suffit de taper "Isopoda COI" dans http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore). Le problème est qu'avec un degré de similarité à peine plus faible, on trouve ensuite dans la recherche du Trachelipus et même de l'Idotea, ce qui est fort surprenant !
Tout ça pour dire que le marqueur (COI), a fortiori partiel, n'est pas toujours suffisant. A la limite la conclusion la plus vraisemblable est que mon Porcellio n'est aucun de ceux cités ci-dessus, et nous voilà bien avancés
Il y a un autre marqueur souvent utilisé c'est le 16S (et aussi le 18S). Le mieux reste de combiner les marqueurs et une bonne façon de faire ça c'est les nouvelles méthodes de séquençage massif.